Le Grand Hôtel-Dieu a été créé au 12e siècle par le clergé. C’est d’abord un lieu de refuge et d’accueil pour les plus démunis. Progressivement, il devient un site où l’on soigne. Au 18e siècle, sa réputation est à son apogée : le Grand Hôtel-Dieu incarne alors l’excellence de la médecine lyonnaise.
L'hôpital de la Charité, construit en 1617 au niveau de l’actuelle place Antonin-Poncet, accueillait aussi les plus pauvres. Il a été détruit en 1934 mais plusieurs de ses salles ont été sauvées et reconstituées pour être exposées au cœur du Grand Hôtel-Dieu.